Il compito di dimensioni galattiche di disegnare i mondi alieni di Star Trek Beyond è toccato allo scenografo Tom Sanders. Le riprese sono avvenute in esterno e nei teatri di posa a Vancouver, B.C., e Dubai, dove Sanders ha creato la desolata e impervia superficie del pianeta Altamid, e la metropoli di Yorktown del 23° secolo.
Il pianeta blu Altamid ospita la maggior parte del secondo atto del film. È la base delle operazioni di Krall per via della presenza di una rara materia nucleare vivente denominata “bluebalt”. I set di Altamid sono stati realizzati in una cava di pietre a Pitt Meadows, Vancouver. Per il futuristico spazioporto utopico di Yorktown, la produzione si è trasferita a Dubai.
Per Star Trek Beyond l'utilizzo della Computer Grafica si è mescolato sapientemente a sessioni di making up estenuanti per gli attori, e alla costruzione fisica di numerosissime scenografie.
Nonostante il dovuto omaggio alla tradizione antica di Star Trek, la CG ha comunque ricoperto un ruolo fondamentale nel processo di modernizzazione della pellicola: parliamo di circa 1.400 shot contenenti elementi 3D e VFX, ripartiti in modo abbastanza equo tra le varie case di produzione, in particolare la Double Negative.
Double Negative ha svolto un ruolo fondamentale nella produzione dei VFX da inserire ed integrare all'interno delle sequenze Live; in particolare è stato svolto un lavoro maniacale per inserire interi moduli CG all'interno delle riprese relative agli interni delle navicelle.
Dal punto di vista software, Double Negative si è avvalsa di una pipeline di lavoro basata su sistema operativo Linux, con il software Maya di Autodesk come applicativo primario per la fasi di modellazione ed Animazione. La fase di compositing è stata invece gestita tramite il solito ed efficiente Nuke di The Foundry.